Das Spiel dreht sich um die Hauptfigur Lloyd, einen etwas dümmlich erscheinenden, aber entschlossenen jungen Schwertkämpfer, und seine Freundin Colette, die Hoffnung einer sterbenden Welt.
Als Lloyd wie jeden Morgen einen Grossteil des Unterrichts verschläft, erstrahlt plötzlich ein helles Licht. Sofort macht sich Professor Sage, die Lehrerin, auf den Weg zum nahe gelegenen Tempel, um nach dem Rechten zu sehen, denn das Licht signalisiert das bevorstehende Erscheinen des Engels Remiel und den Beginn der Weltenerneuerung. In deren Folge soll die Auserwählte Colette Brunel einen langen Leidensweg antreten, um am Ende selbst ein Engel zu werden und sich der Göttin Martel zu opfern.
Trotz des Verbotes schliesst sich Lloyd zusammen mit seinem besten Freund Genis Sage, Raine Sages Bruder, der kleinen Gruppe an. Sie wollen die bevorstehende Opferung Colettes verhindern und trotzdem die Weltenerneuerung abschliessen, um ihre Welt Sylvarant vor der Verwüstung durch die Desians, menschenfeindlicher Halbelfen, und der bevorstehenden Dürre zu retten.
Spielmechanik
Die Kämpfe sind nicht rundenbasiert, sondern laufen in Echtzeit ab. Es kann entweder die ganze Truppe von der Konsole gesteuert werden oder der Spieler selbst die Kontrolle eines Charakters übernehmen. Je nachdem, wie viele Mitspieler vorhanden sind, können bis zu vier Personen gemeinsam die Kämpfe bestreiten. Die Taktik kann nach Belieben umkonfiguriert werden. Dazu verfügt jeder Charakter über viele individuelle Spezialattacken, die im Kampf durch Knopfdruck abgerufen werden.