Saint Onii-san erzählt die Geschichte einer ungewöhnlichen WG - Jesus und Bhudda leben zusammen in einem kleinen Apartment in Japan und versuchen mit den Tücken des modernen Alltagslebens zurechtzukommen. Die beiden religiösen Figuren werden dabei zwar vermenschlicht, aber der Manga ist gegenüber den Religionen trotzdem nie respektlos.