Rot ist ein ganz normaler Junge, der im ländlichen Alabastia lebt. Sein ruhiges Leben soll sich ändern, nachdem er sich auf sein eigenes Abenteuer begibt, auf dem er von seinem Rivalen Grün begleitet wird. In der Welt der Pokémon begegnet er einigen Menschen und Pokémon, mit denen er sich dann auch anfreundet. Nicht alles verläuft aber gut. Team Rocket will das sehr seltene Pokémon Mew gefangen nehmen. Zudem führt Team Rocket Experimente an Pokémon durch, um die Macht der eigenen Organisation zu verstärken. Rot und seine Freunde machen sich daher auf, um die grausamen Experimente Team Rockets zu stoppen und um die Geheimnisse der Pokémon zu lüften.